Microbiologie: Microorganismes et leurs rôles

La microbiologie est la science qui étudie les micro-organismes, petites créatures vivantes, aussi connus comme microbes.

La microbiologie peut être définie, étymologiquement, comme la science qui étudie les êtres vivants très petits, notamment ceux dont la taille est inférieure à la puissance de résolution de l’œil humain.

Mikros ("petit"), bios ("vie") et logos ("étude") se réfèrent aux micro-organismes et aux germes. Plus de 300 ans après leur découverte, leur seule propriété commune est leur petite taille.

Microscopie : dépend de facteurs comme le contraste, la résolution et l’augmentation.
Taxonomie : étude de la nomenclature, de la classification et de l’identification.
Nombre et types de micro-organismes : dépendent de l’humidité, de la chaleur, des éléments nutritifs, de l’aération et du pH.
Un sol fertile est riche en humus, une matière organique composée de microbes.
Les champignons du sol décomposent la cellulose, la lignine et la pectine.
Fonction des algues dans le sol : prévention de l’érosion et production d’O₂ par photosynthèse.
Augmentation de l’activité microbienne : augmentation de l’humidité et de la température. Le pH et la disponibilité de l’O₂ sont aussi des facteurs importants.
Protozoaires : leur mode de nutrition est l’ingestion de bactéries pour contrôler la population bactérienne.
Champignons : aident à retenir l’eau et sont responsables de l’odeur de la terre humide.
Minéralisation : les micro-organismes du sol agissent comme agents biochimiques, transformant les composés organiques complexes en composés inorganiques simples.

Bactéries : surpassent en population tous les autres groupes de micro-organismes. Elles peuvent être autotrophes ou hétérotrophes, aérobies ou anaérobies.

Microscopie électronique à transmission (MET) : résolution optique supérieure. Utilise un faisceau d’électrons pour visualiser un objet.
Robert Koch : a étudié le charbon, une maladie des vaches et des moutons qui affecte aussi les humains.
Francesco Redi : a prouvé l’inexistence de la génération spontanée des animaux microscopiques.
Robert Hooke : a contribué à la théorie cellulaire.
Types de champignons : Zygomycètes (moisissures), Ascomycètes (morilles), Basidiomycètes (champignons).
Champignons saprophytes : se nourrissent de déchets d’organismes vivants : cadavres en décomposition, peaux mortes, feuilles mortes.
Les champignons se trouvent dans des milieux aquatiques et terrestres, et peuvent se développer dans des substances acides.
Les protozoaires se déplacent grâce à des cellules spéciales appelées cils.
Holozoïques : se nourrissent d’autres organismes (bactéries, levures, algues, autres protozoaires, etc.).
Cytoproct : (cytopyge) région de la cellule qui élimine les déchets indigestibles.
Ils ont de larges applications industrielles, comme la fermentation (production de boissons alcoolisées ou de produits laitiers), la production d’antibiotiques ou d’autres produits pharmaceutiques ou biotechnologiques (hormones, enzymes, etc.).
Champignons imparfaits : ne produisent pas d’ascospores ou de basidiospores, mais uniquement des conidies.

Oomycètes : se reproduisent par des spores et des zoospores à flagelle.

Mycoplasmes et bactéries : parasites intracellulaires contrôlés par des antibiotiques. Ils croissent et se reproduisent à l’intérieur des cellules vivantes, sans produire de spores.
Mycoplasma hominis : pathogène trouvé dans le col de l’utérus chez les femmes asymptomatiques.
Mycoplasma genitalium : principalement isolé de l’appareil génito-urinaire, mais peut être trouvé dans les voies respiratoires.
Rickettsies : comme les bactéries, elles se reproduisent par fission, croissent et se reproduisent à l’intérieur des cellules vivantes. Elles sont unicellulaires.
Caractéristiques des rickettsies : immobiles, ne produisent pas de spores, survivent uniquement dans une cellule, sont des parasites qui se nourrissent de sang.
Érythrocytes : la famille Anaplasmataceae (anaplasmose) produit l’anaplasmose (destruction des globules rouges, causant l’anémie).
Mycoplasmes : génomes parmi les plus petits des bactéries. Ils ne synthétisent pas les acides aminés, les acides gras et les vitamines.
Fièvre Q : zoonose causée par la bactérie Coxiella burnetii.
Fièvre pourprée : due à Rickettsia conorii, transmise par la piqûre de tique.
Rickettsia typhi : transmise par les matières fécales des puces infectées.
Basidiomycota : groupe le plus évolué et le plus connu, comprenant de nombreux types de champignons qui produisent des basides avec des basidiospores.
Ascomycota : champignons à asques.
Mycoplasma pneumoniae : colonise les voies respiratoires, affectant principalement les 8-30 ans.
Ureaplasma urealyticum : agent causal de l’urétrite non gonococcique.
Rickettsia typhi : agent étiologique du typhus murin.
Mycoplasmes : petits organismes, parasites de cellules animales ou végétales. Mesurent 0,3 à 0,5 mm et synthétisent environ 750 protéines.